Χρησιμοποιούνται για τη διερεύνηση παθοφυσιολογικών μηχανισμών και τη μελέτη της δράσης διαφόρων ουσιών στην οξεία και χρόνια φλεγμονή: Η πειραματική επιπεφυκίτιδα⁸ (οξεία τοπική φλεγμονή): εγκαθίσταται με την ενστάλλαξη στο κάτω κόλπωμα του επιπεφυκότα αρουραίων του ειδικού απελευθερωτή της ισταμίνης C48/80, δημιουργώντας έτσι συνθήκες πρόκλησης μη ανοσολογικής αιτιολογίας αποκοκκίωσης των μαστοκυττάρων⁹. Για τη μελέτη της πρώιμης και όψιμης φάσης της αντίδρασης, τα ζώα θυσιάζονται σε διάφορα χρονικά διαστήματα μετά την πρόκληση και απομονώνεται ο βλεφαρικός ή/και ο βολβικός επιπεφυκότας, όπου προσδιορίζονται βιοχημικές και ιστολογικές παράμετροι・Εγκατάσταση πειραματικής αρθρίτιδας¹⁰ (χρόνια συστηματική φλεγμονή) πραγματοποιείται με ενδοδερμική χορήγηση πλήρους ανοσοενισχυτικού παράγοντα του Freund (Complete Freund’s Adjuvant, CFA) σε αρουραίους. Τα ζώα θυσιάζονται 21 ημέρες μετά τη χορήγηση, παραλαμβάνονται οι προς μελέτη ιστοί και προσδιορίζονται οι κατάλληλες βιοχημικές και ιστολογικές παράμετροι. 

Καλλιέργειες επιπεφυκότα αρουραίου γίνονται με σκοπό τον προσδιορισμό φλεγμονωδών μεσολαβητών που εκλύονται στο καλλιεργιτικό μέσο υπό την επίδραση διαφόρων ερεθισμάτων και παραγόντων・Η ex vivo διέγερση απομονωθέντων λεμφοκυττάρων¹¹ από ανθρώπινο περιφερικό αίμα εφαρμόζεται για τη διερεύνηση συναφών υποκείμενων μηχανισμών σε παθολογικές καταστάσεις και για την αξιολόγηση ανοσορρυθμιστικών παραγόντων.

O μονοκύτταρος ευκαρυωτικός οργανισμός Saccharomyces cerevisiae αποτελεί αξιόπιστο πειραματικό πρότυπο¹² για τη μελέτη των προσαρμοστικών και προστατευτικών μηχανισμών που διέπουν το κυτταρικό stress και της επίδρασης ουσιών, φαρμάκων και περιβαλλοντικών ερεθισμάτων σε φυσιολογικό και σε τροποποιημένο υπόστρωμα, συμπεριλαμβανομένης της γήρανσης. Το εργαστήριο διαθέτει πλήρη εξοπλισμό για αποστείρωση με θερμότητα και διήθηση, παρασκευή και ποιοτικό έλεγχο υγρών και στερεών θρεπτικών υλικών, ανάπτυξη υγρών και στερεών καλλιεργειών μυκήτων και βακτηρίων, χρώση και μικροσκοπική εξέταση των μικροοργανισμών (Οlympus ΒΗ Japan με φωτογραφική μηχανή).

Διάφορες παράμετροι προσδιορίζονται σε ανθρώπινα βιολογικά υγρά (σίελος, δάκρυα, περιφερικό αίμα, ορός, πλάσμα, εκπλύματα), σε καλλιεργητικό υλικό και πρωτογενείς καλλιέργειες ανοσοκυττάρων (λεμφοκύτταρα, μαστοκύτταρα) και σε ιστούς (επιπεφυκότας, υποθάλαμος, οπτικό νεύρο, χόνδρινος ιστός, περιφερικά αγγεία, πλήρες αίμα). Πέραν του βασικού εξοπλισμού, το εργαστήριο διαθέτει: 
Φασματοφωτόμετρο μικροπλακών ELISA με μονοχρωμάτορα (SpectraMax PLUS 384, Molecular Devices, Sunnyvale, CA, USA) που επιτρέπει τον προσδιορισμό κυτταροκινών και σακχάρων σε ελάχιστη ποσότητα δείγματος・Φθοριοφωτόμετρο (Aminco Bowman, American Instrument Co, Maryland, USA) εξοπλισμένο με λάμπα Xenon που δίνει τη δυνατότητα προσδιορισμού των επιπέδων ισταμίνης¹³ και μονοξειδίου του αζώτου (ΝΟ)¹⁴ σε βιολογικά δείγματα・Φασματοφωτόμετρο πολλαπλών θέσεων (Spectro 23RS, Labomed, CA USA) για τον προσδιορισμό της ανάπτυξης καλλιεργειών μικροβίων, ολικής πρωτεΐνης και βιοχημικών παραμέτρων・Πλήρως αυτοματοποιημένος αναλυτής Phadia 250 (Thermo Fisher Scientific Inc, Uppsala, Sweden) για προσδιορισμό αλλεργιογόνων και δεικτών της ανοσιακής λειτουργίας (πάνελ 650 αλλεργιογόνων και 90 ανασυνδιασμένων αλλεργιογόνων, ανοσοσφαιρίνες, τρυπάση, κ.ά.).